Als Auszeichnung für die Tapferkeit im Bauernkrieg, bei der die Stadt einer zehnwöchigen Belagerung durch das Bauernheer standhielt, bekam sie von Erzherzog Ferdinand eine Wappenverbesserung zugesprochen. Seitdem trägt der Löwe eine goldene Krone und goldene Klauen auf goldenem Grund.
Die fast vergessene Zeit der württembergischen Herrschaft von 1806 bis 1810 und auch die Herrschaft Badens seit 1810 ist nicht im Wappen dokumentiert.
Ein Fähnlein (Banner) mit dem Radolfzeller Wappen eroberten die Appenzeller in den Freiheitskriegen (1400-1408) gegen die habsburgischen Truppen, eine Kopie davon befindet sich noch im Museum in Appenzell. Das offenbar älteste originale Wappen (1513) findet sich zusammen mit einer Darstellung des Stadtgründers Ratold (weitere Schreibweisen: Radolt, Radolf) auf einem Glasgemälde im Historischen Museum in Basel (Kopie davon im Stadtmuseum Radolfzell). Ein weiteres Glasgemälde (1564) im Bürgersaal des Rathauses verbindet das verbesserte Radolfzeller Wappen zusammen mit dem österreichischen Bindeschild und dem Erzherzogswappen.
Die Radolfzeller Stadtflagge in den Farben Rot-Weiß-Gelb leitet sich vom Stadtwappen ab.
