Ein um 1100 auf einem inselartigen Grundmoränenrest im Verlandungsbereich des Mindelsees errichteter Burgturm bildete die Keimzelle des Wasserschlosses Möggingen.
Die von zwei Wassergräben, Wall- und Ringmauer gesicherte Anlage mit äußerer und innerer Burg trotzte 1525 im Bauernkrieg dem Ansturm. Um 1600 bauten die Herren von Bodmann an der Westseite das Hochschloss mit polygonalem Treppenturm im Osten. Das im Dreißigjährigen Krieg 1632 und 1636 geplünderte und niedergebrannte Schloss wurde 1648 wiederaufgebaut. Seinen heutigen Charakter erhielt es durch den 1834 abgeschlossenen Umbau. Ringmauer und Torturm mit Vorbau, in welchem 1489 eine Kapelle geweiht wurde, blieben noch von der mittelalterlichen Anlage erhalten.
Seit 1946 ist im Wasserschloss Möggingen, das noch heute der Familie Bodman als Wohnsitz dient, die Vogelwarte Radolfzell des Max-Planck-Institus für Ornithologie untergebracht.