1974 erfolgte die Eingemeindung nach Radolfzell. Schon früher hatte Radolfzell über lange Zeit hinweg nicht unerheblichen Besitz in Markelfingen, z.B. den sogenannten Guten- oder Vogtshof und die "Obere Mühle". Die für das Jahr 1490 überlieferte - heute allerdings nicht mehr quellenmäßig belegbare - Verpfändung der Gemeinde an die Stadt Radolfzell war 1895 ausschlaggebend, den habsburgischen Löwen des Radolfzeller Wappens in das neue Markelfinger Gemeindewappen aufzunehmen.